Per l'idrogeologia, sicuramente Visual Modflow e, in misura minore, Feflow, sono i programmi più usati. In soldoni, Feflow è molto migliore per una serie di ragioni (elementi finiti invece di differenze finite, file meno voluminosi, possibilità di accoppiare flusso e trasporto ecc.); VModFlow è meno caro e per certi versi più immediato, oltre a essere il programma standard.
MikeShe non c'entra niente con la geotermia, tratta l'interazione tra corpi idrici sotterranei e superficiali!
http://www.spokanecounty.org/WQMP/projects/ASP/MikeModel.aspFeflow ha introdotto, a partire dalla 5.4, le sonde geotermiche verticali, ma è più un programma per la valutazione degli effetti degli impianti sul suolo, che non di dimensionamento, per il quale EED mi risulta essere il più usato.