Ciao, in effetti gli strumenti della Geomatica trovano ormai applicazioni vastissime, in tutti i campi della geologia e non solo, quindi non capisco perché ti poni il problema di quale indirizzo seguire. In ambito geologico applicativo (ad esempio rischio idraulico, idrogeologico, pianificazione territoriale) gis e telerilevamento hanno vastissime applicazione, ma anche nella geofisica (cartografia del rischio sismico), nello studio dei litorali, delle risorse agricole e forestali, e tanto altro ancora, hai l'imbarazzo della scelta!
Piuttosto devo dirti che nelle università non ci sono ancora dei corsi seri di Gis e telerilevamento, salvo poche eccezioni, quindi anch'io ti consiglierei un master postlaurea, preferibilmente a Siena, Padova o venezia.
(ce ne sono anche a Roma e Napoli, ma l'organizzazione lascia a desiderare...)