Solitamente, quando devo trattare coi DTM, utilizzo SAGA: è gratuito; ha molte funzionalità, tra le quali anche la possibilità di ricavare delle sezioni in automatico; c'è un manuale, piuttosto voluminoso, e c'è un forum al quale chiedere chiarimenti quando si hanno dei problemi.
Fino ad ora mi è stato molto utile (anche per interpolare isolinee o per ricavare i parametri indice di microbacini idrografici). L'unico problema (che a suo tempo segnalai sul forum e che mi fu risposto fosse un bug) l'ho riscontrato con alcuni tipi di file (mi sembra fossero .asc) che mi caricava come se fosse stata applicata una trasformazione (simmetria rispetto a un punto centrale), ma una volta riconosciuto che c'era il problema bastava riapplicare una trasformazione identica per avere il tutto al suo posto (il nord sopra...).

Un altro software è GVsig (anche questo è gratuito): è un software gis che ha una estensione (sexstante) per il trattamento di dati raster/griglia. Non sono sicuro che faccia le sezioni perché solitamente uso SAGA, ma credo che rientri tra le sue funzionalità perché mi sa (non vorrei sbagliarmi) che il progetto sia partito a partire dal nucleo di SAGA. GVsig ha il vantaggio che è localizzato anche in italiano e c'è una lista di utenti alla quale ci si può iscrivere per chiedere aiuto in caso di difficoltà.

Se hai più tempo e voglia di applicarti, perché a mio parere è un po' più impegnativo, puoi provare con GRASS: è un gis piuttosto completo, gratuito che, volendo, si interfaccia anche con Qgis (anch'esso gratuito e forse un po' meno ostico di Grass).