QGis ha un'interfaccia grafica estremamente friendly. Però secondo me diventa una valida alternativa ad arcgis solo se l'utente è disposto ad utilizzare il plugin GRASS. In GRASS è possibile fare elaborazioni molto sofisticate che richiedono forse la necessità di dedicare un pò di tempo alla lettura dei vari tutorial presenti in rete, generalmente redatti da centri universitari ed abbastanza semplici e chiari.
La vera differenza è che sia QGis che GRASS sono OPENSOURCE.
Attualmente molti Centri di Ricerca ed Enti Locali (Regioni e Comuni) stanno tutti migrando su piattaforme opensource.
Per maggiori informazioni puoi dare un'occhiata qui
http://grass-italia.como.polimi.it/ 
