Per prima cosa ti consiglio il massimo dell'ordine informatico: esempio cartella per ogni anno di lavoro suddivisa in lavori in corso, lavori in attesa, lavori da riscuotere, lavori terminati
seconda cosa dai un numero di riferimento ad ogni lavoro (io do un progressivo totale alle relazioni, apponendo come suffisso l'anno di redazione).
Poi lo stesso ordine anche con l'archivio.
Per quanto riguarda l'altro aspetto di archiviazione temporanea io me la cavo con un cassetto raccoglitore dove ogni cartellina suddivide: preventivi, progetti di notula, fatture del trimestre (o del mese dipende dal tuo regime iva), fatture passive ecc.
In bocca al lupo

Impara l'arte e mettila da parte!