Ciao,
ormai è passato un pò di tempo da quando avevi il problema del clipper...
Tuttavia, io utilizzo la versione 1.8 di qgis e riportava il medesimo errore, finchè per caso, non ho rifatto l'operazione con una maschera ottenuta col comando dissolve, ottenendo il risultato di clipping cercato.

Ho pensato che rispondere adesso avrebbe potuto aiutare altri nella tua/nostra situazione.

Ciao ciao