Tu, come professionista, non puoi essere pagato per un lavoro d'impresa (dovresti metterlo come rimborso spese), ma non ti conviene affatto per questioni fiscali (chiedi ad un commercialista.
Inoltre, ricorda che il professionista è pagato al netto della ritenuta d'acconto,l'impresa al lordo.
Esempio se fai € 5000 di indagini o le metti come rimborso spesa (andando incontro a problemi fiscali per il fatto che non è una prestazione professionale) o se le carichi nell'onorario sono soggette a ritenuta del 20%, ovvero l'ente di darà materialmente € 4000!
L'impresa però ne vorrà € 5000 e dovrai aborsaree di tasca tua € 1000!
Quindi ti consiglio di portare al comune i preventivi di 3 ditte, poi ilcomune di incaricherà direttamente la ditta, oppore fai un programma indagini (con relativo computo) sulla base del quale il comune farà una gara e stipulerà il contratto d'appalto con la ditta aggiuducataria.