Ecco una possibile procedura:
Esporta le isoipse sotto forma di shapefile con Z come attributo e quindi trasforma lo shape in raster (raster A);
Esporta gli edifici come sopra (raster B);
Utilizza il modulo mapcalc eseguendo B-A;
Il risultato è un raster con i valori della differenza di quota che può essere trasformato in shapefile.
Puoi utilizzare sia ArcGis che il modulo GRASS in QGis.
Auguri