Interessante dscussione. Riporto la mia esperienza in merito.
Da anni nel Lazio sono disponibili tiff+tfw delle carte CTR (senza alcun prj). Le carte sono comunemente "spacciate" come GEOREFERENZIATE UTM33N-WGS84. "A corredo" delle stesse è presente uno shape del reticolato CTR. Importando le carte queste si "posizionano" nello spazio, ma senza sistema di riferimento, ovviamente. Il reticolo le contiene esattamente nei limiti (in quanto costuito su di esse).
Ai miei primi approcci gis (anni fa), evidenziai che, sovrapponendo degli shape realizzati nel SDR UTM33-WGS84, realizzati su cartografia georeferenziata correttamente, non ottenevo una sovrapposizione con le ctr, ma era presente un certo shift. Procedendo ad una analisi ulteriore sono riuscito a capire che le carte CTR erano in verità posizionate nello spazio secondo il SDR UTM33N-ED50. Assegnando il SDR e riproiettandole infatti ho ottenuto una perfetta sovrapposizione. Penso negli anni a quanti non si sono posti il problema ed hanno realizzato shape sulla base di quelle CTR, assegnando il SDR UTM33N-WGS84, sbagliando clamorosamente.
Utilizzo normalmente arcmap ma non ho potuto sottrarmi a provare un approccio sia con QGIS che con GVSIG, trovandoli veramente versatili e ben realizzati. La funzione di riproiezione raster di QGIS, ad esempio, è anni luce avanti al normale iter al quale si deve ricorrere con ARCMAP (assegna proiezione e poi riproietta in due fasi separate).