Farò la prova appena possibile (non ho altri pc su cui installare Qgis a portata di mano). Però ho usatolo strumento "intersezione" e ha funzionato, salvando la tabella attributi.

In effetti nel caso (e solo nel caso) in cui lo shapefile di ritaglio è contenuto interamente nello shapefile da ritagliare, lo strumento "intersezione" e "clip" sono uguali. Ma non capisco comunque come mai il "clip" non salvi la tabella attributi, non ci sono neanche opzioni da settare. E ho provato con diversi shape e fa con tutti così.