Più o meno, ecco la procedura che ho usato, ma non escludo che ne esistano di migliori:

1] genero i centroidi dalla shape originale

2] ad ognuno di essi, trasmetto automaticamente la corrispondente quota del Dem, mediante il plugin "Point sampling tool"

3] VETTORE => STRUMENTI DI GESTIONE DATI => UNISCI ATTRIBUTI PER POSIZIONE

per fondere gli attributi di quei centroidi all'interno della shape originale

4] edito la shape originale, ed eseguo la suddetta sottrazione nel Calcolatore Campi