fare uno studio di II livello non necessita di programmi di calcolo ma unicamente un gis per archiviare i dati.

Sostanzialmente devi dividere il territorio in classi di "pericolosità" espresse con de fattori.

questi fattori derivano dagli abachi che trovi nel documento della protezione civile relativamente alla microzonazione sismica.

Per le indagini, potrebbero bastare, tutto è relativo alla dimensione dell'area di studio e del tipo di sito (pianura? montagna? ecc ecc).
le indagini probabilmente sono da integrare, ma qui dipende ancora dal tipo di sito che vai a studiare.

per prima cosa dovresti recepire il I° livello, che deve contenere già delle indagini, e sperare che sia stato fatto bene.

Non baratterei mai le mie conoscenze geologiche con tutto il sapere della geotecnica.