Ciao,
magari hai già provato e risolto poichè la mia soluzione è molto semplice. Un consiglio è quello di disegnare una linea di River sempre all'interno del modello digitale del terreno su cui stai lavorando. Il software è molto sensibile a questo tipo di errore. Onestamente è da un pò che non lavoro con HEC-RAS ma mi sembra che con un errore del genere la comunicazione fosse di quel tipo.
Ciao e buon lavoro