Buongiorno Eugenio,
ho letto il tuo post e rifacendomi alla mia esperienza posso dirti:

relativamente alle venute di acqua, esse possono essere legate alla/e litologia/e all'interno del quale è stato escavato il pozzo. Per interderci, in litologie compatte o in roccia spesso l'acqua fluisce all'interno di vie preferenziali (i.e. cunicoli, fratture) che possono collocarsi anche al di sopra del livello idrico instauratosi nel pozzo.

relativamente alla ipotetica azione destabilizzante del pozzo, sicuramente costituisce una via preferenziale di drenaggio e accumulo delle acque sotterranee. Se consideriamo l'azione di drenaggio dell'acqua, nell'ipotesi di un terreno permeabile per porosità, non si può che aspettarsi un effetto che ne aumenta la stabilità.

In ogni caso penso che, se non utilizzato sia opportuno chiudere il pozzo sia per una questione di stabilità del fabbricato che per una questione di carattere ambientale, in quanto rappresenta sempre una via preferenziale attraverso la quale liquidi non controllati potrebbero essere veicolati verso la falda ed essere trasportati da quest'ultima.