la prima spiegazione che mi viene in mente è che effettivamente ci sia una perdita da una fognatura nera.
Potrebbe essere un allacciamento alla fognatura che non è più a tenuta caso non impossibile soprattutto se il cantiere è stato fatto frettolosamente andando al risparmio, come usa oggigiorno vista la concorrenza che si fanno le imprese del settore.
Potrebbero esserci anche altre abitazioni, a monte idrogeologico del pozzo (quindi fuori campo in basso della foto, con direzione di falda probabilmente verso sinistra della foto) con pozzo perdente oppure sub-irrigazione , non allacciato alla fognatura perchè troppo lontano.
Scavare un altro pozzo a meno che non riesci a posizionarti molto distante non mi sembra una buona idea e inoltre non è detto che in certe condizioni anche il pozzo "pulito" vicino al tuo non possa avere lo stesso problema, se la direzione della falda per qualche motivo dovesse cambiare.
Ma usi l'acqua del pozzo come approvvigionamento potabile? che concentrazioni hanno i batteri (Escherichia Coli suppongo)?
non potresti installare un dispositivo di disinfezione (pompa dosatrice di NaClO, ozono, raggi UV, ecc.)

This is The End, my only Friend, The End (J. Morrison)