Non sono sicuro, ma potrebbe essere che non hai attivato la riproiezione al volo?
D96 non lo conosco, ma, se il file è accompagnato dal file .prj, Qgis dovrebbe poterlo riproiettare al volo.
Altrimenti, facendo salva con nome (o esporta a seconda delle versioni) dovresti poterlo salvare specificando il sistema dove viene riproiettato il nuovo file.
Se quando carichi il file Qgis avvisa che non è specificato il datum (il sistema di coordinate) devi specificarlo tu altrimenti credo che Qgis lo associ al sistema del progetto...