Ciao
Ho riscontrato in passato degli scostamenti analoghi in ArcGIS ed avevo risolto impostando il Sistema di Riferimento anche al progetto.
Nel mio caso avevo degli shapefile in 32632 mentre il progetto era in 4326, ho quindi impostato il 32632 al progetto.
Prova a controllare il SR del progetto e quindi modificarlo sulla base dei dati che hai convertito
Stefano

Stefano