Ciao Luigi
Potresti intervenire localmente evidenziando le aree che presentano questi "solchi" mediante la creazione di shapefile poligonali.
Lo step successivo sarebbe di eseguire un geoprocesso di Raster Difference ed uno di Raster Clip sul DTM che hai a disposizione per estrarre rispettivamente le aree corrette e quelle con le anomalie da te descritte.
Per le aree anomale si interviene mediante il Raster Calculator per eliminare la depressione creando quindi una superficie che rispetti l'andamento topografico delle aree limitrofe (per alcuni lavori che ho eseguito che mi presentavano problemi analoghi avevo eseguito un buffer negativo per crearmi una fascia di rispetto per il raster intervenendo sulle quote nelle porzioni più interne in modo da mantenere una continuità con le restanti porzioni del raster corrette)
Il metodo è valido sia se utilizzo ArcGIS che QGIS
Spero possa essere abbastanza comprensibile la mia spiegazione

Ciao
Stefano

Stefano