Potresti provare con iterazioni successive, basandoti sulle leggi del moto uniforme in canali naturali (ad esempio puoi usare l'eq. di Chezy oppure quella di Manning che puoi trovare in qualsiasi testo di idrologia o di idraulica fluviale). Per fare questo ti servono la pendenza del corso d'acqua, la misura della sezione, il coefficiente di resistenza. In pratica calcoli la portata corrispondente a diverse altezze del profilo, fin quando questa non ti coincide con quella per la quale vuoi sapere l'altezza.
Prima di fare questo non dimenticarti pero' di calibrare l'equazione da te scelta andando a trovare il valore del coefficiente di resistenza che meglio ti consente di calcolare valori di portata prossimi a quelli misurati in sito.
Buon lavoro
Carlo