non c'è nessuna contraddizione
Mi spiego:
il comma 4 dell'art. 92 del D.lgs 163/06 così come modificato dal D.lgs. 113/07, dispone che:
4. I corrispettivi sono determinati ai sensi del comma 3, fatto salvo quanto previsto dal comma 12-bis dell'articolo 4 del decreto-legge 2 marzo 1989, n. 65, convertito, con modificazioni, dalla legge 26 aprile 1989, n. 155.
ora, il comma 12-bis è relativo allo sconto massimo del 20% che una PA può richiedere al professionista;
il comma 3 invece dispone che:
I corrispettivi delle attività di progettazione sono calcolati, ai fini della determinazione dell'importo da porre a base dell'affidamento, applicando le aliquote che il decreto di cui al comma 2 stabilisce ripartendo in tre aliquote percentuali la somma delle aliquote attualmente fissate, per i livelli di progettazione, dalle tariffe in vigore per i medesimi livelli. Con lo stesso decreto sono rideterminate le tabelle dei corrispettivi a percentuale relativi alle diverse categorie di lavori, anche in relazione ai nuovi oneri finanziari assicurativi, e la percentuale per il pagamento dei corrispettivi per le attività di supporto di cui all'articolo 10, comma 7 nonché le attività del responsabile di progetto e le attività dei coordinatori in materia di sicurezza introdotti dal decreto legislativo 14 agosto 1996, n. 494. Per la progettazione preliminare si applica l'aliquota fissata per il progetto di massima e per il preventivo sommario; per la progettazione definitiva si applica l'aliquota fissata per il progetto esecutivo; per la progettazione esecutiva si applicano le aliquote fissate per il preventivo particolareggiato, per i particolari costruttivi e per i capitolati e i contratti.
in pratica l'art. 92 dispone SOLO che le PA possono fare riferimento alle tariffe
Se non ricordo male l'Autorità per la Vigilanza sui LLpp ha emesso una circolare dove ha spiegato questa cosa
