Attualmente non saprei che applicativi indicarti. Una ricerca su internet ti potrà aiutare; ne esistono anche di italiani.
Per quanto riguarda le stratigrafie.... francamente non comprendo la domanda. Le stratigrafie si disegnano. A mano, con autocad, con corel draw o con quello che vuoi. Se invece vuoi degli applicativi che, in automatico, ti producano una stratigrafia inserendo spessori e litolologie, non ne conosco. Te le puoi fare programmando in autoslisp oppure con altri sistemi (macro di corel draw, in excell o altro)