L'argomento mi interessa e sono andato a rinfrescarmi la memoria sulla L. 47/85 (o se preferisci sul 490/99).

In estrema sintesi, mi sembra che si torni ad un nulla di fatto:
le opere abusive in carenza di autorizzazione paesaggistica sono soggette penalmente ad arresto fino a 2 mesi (se ben ricordo) e a sanzione da 30 a 100 milioni (art. 20). Tuttavia viene sospeso, anzi annullato tutto, se vi è sanatoria (art. 22).
Siccome l'autorizzazione tardiva sana le opere "anticipate" dai cavatori, ecco che decade qualsiasi sanzione.
Tutto questo per la parte procedurale.

Per quanto riguarda la stima del danno ambientale, o dell'utile ingiustamente ricavato, trovo molto corretta la tua interpretazione: non vi è alcun utile se non nell'aver anticipato i lavori.

Avrai notato che mi riferisco al punto 3 della tua casistica, in quanto è il solo veramente significativo: il punto 1 non è sanzionabile (ci mancherebbe che in cava non si potessero fare rampe provvisorie tra i piazzali!), il punto 2 ha una propria autonoma sanzione, che tu stesso dici essere giaà stata applicata.

Quando la perizia sarà finita, informaci per favore.