Il sistema di riferimento è fondamentale in quanto le coordinate di un punto variano in funzione dell'ellissoide considerato -da cui dipendono i vari sistemi (UTM, geografico etc-.
Puoi verificare che la cartografia IGM -per esempio- è riferita al sistema "UTM ED50" che è diverso dal sistema "UTM WGS84" che è, forse, l'ultimo nato.
In pratica di consigliavo di verificare che i dati che vuoi inserire nel tuo GIS appartengano allo stesso sistema di coordinate per evitare di commettere errori, talvolta grossolani, di posizionamento.