Buongiorno
lo stesso problema e' capitato a me piu' e piu' volte.
Purtroppo dipende dal tipo di scanner che hai usato, se e' uno di quelli a trascinamento, tipo plotter per intenderci, durante il movimento della scansione fa slittare la carta in maniera infinitesimale e, purtroppo, differenziale nelle varie parti del foglio scansito.
Gli scanner piani invece non hanno questo problema ma determinano un errore costante in tutta l'area scansita.
Questo implica che la tua immagine venga distorta quando imponi delle coordinate poichè il pixel size e' diverso nelle varie parti della tua immagine.
Purtroppo a questo problema ci sono poche soluzioni, potresti provare ad assegnare più punti di controllo delle coordinate imn modo che il programma cerchi di autocorreggere le differenze di pixel size.
Oppure scnsire la tua carta in porzioni piu' piccole, con uno scanner piano, georiferirle e poi ricreare la figura originaria nel GIS.
Nel mio caso, purtroppo, per meta' delle volte questi tentativi si sono rivelati infruttuosi.
Ti auguro di avere più fortuna di me.
Buon lavoro.
Fabrizio Salina