Ciao Emiliano
concordo con quanto esposto da Blizzard, cioè che un modello analitico 2D non è proprio il massimo per il tuo caso, in quanto:
1) E' 2D, quindi non puoi simulare eventuali eterogeneità (es. orizzonti diversa cond. idraulica) verticali
2) Che io sappia, con Winflow non puoi neanche considerare eventuali eterogeneità spaziali (a differenza di altri modelli analitici)
3) Con Winflow devi impostare una direzione di flusso ed un gradiente idraulico costanti; con un principio di sovraposizione degli effetti su tale superficie piezometrica sovrapponi poi gli effetti di altri elementi (es. pozzi)
4) Con Winflow non puoi effettuare simulazioni in regime transitorio, ma solo permanente.
Se ho ben capito quello che devi fare, per il tuo caso ti servono sicuramente modelli più robusti, di tipo numerico e 3D --> tipicamente Modflow; è però la tua esperienza che ti deve dire quale tipologia di modello è più appropriata al tuo caso.
Visto che sei neolaureato, a prescindere da che software utilizzerai, il mio principale consiglio è tuttavia quello di cercare un aiuto o un consiglio da qualcuno con maggiore esperienza e che mastichi già qualcosa di modellazione idrogeologica.
Per quanto riguarda AquiferWin32, personalmente non mi piace neanche come software per l'interpretazione delle prove di pompaggio (opinione personale).
Ciao

Stefano Zanarello