Things should be as simple as possible, but not simpler. (Albert Einstein)

in base al suddetto concetto, valuta come deve essere adeguatamente schematizzata la tua falda (e quindi se fare un modello bidimensionale o tridimensionale)

non è chiaro che intendi per 'svolta nel modello di flusso'. non riesci a tararlo?

riguardo al software, direi che potresti usare modflow + rt3d (i.e. qualsiasi modello numerico di flusso, accoppiato con qualsiasi modello di trasporto multispecie)

- non conosco archidro