Credo che il sistema di riferimento a cui ti riferisci sia ETRF89 che non ricordo bene, ma mi sembra essere una materializzazione italiana del wgs84, realizzata per l'appunto nel 1989 (ma non sono sicuro).
CMQ in Arcgis con il catalog puoi provare a passare da il sistema GB-Roma 40 (M.te Mario) a quello che dici te.
Per farlo clicca dx sullo shape>field>geometry> e nello spatial reference prova a cambiare, il sistema di riferimento mettendogli quello che dici tu dai predefiniti (in geografici)....

Boh non so se funziona, altrimenti prova a settare in Arcmap al dataframe il nuovo sistema di riferiemento e ad esportare lo shp dandogli come opzione di usare lo stesso sistema di riferimento del data frame.

Per mostrare in tabella la diff di coord. prova a prendere dei punti evidenti seganti le coordinate e vedi come cambiano dopo aver fatto la trasformazione.

Altrimenti non saprei come fare, dato che credo che con programmi tipo cartlab x convertire le coordinate non ci sia quel sistema di rifer.

Auguri spero di esserti stato utile