Se hai bisogno di fare un DTM un programma come Arcview o ArcGis, che ormai è reperibile abbastanza facilmente, va + che bene. Qualche problema puoi incontrarlo nel momento in cui devi "sezionare" il tuo modello 3D, ma lo stesso dicasi per gli altri GIS(da GoCad a TNT mips, il cui uso non è peraltro così intuitivo e riuscire a far qualcosa, se non lo conosci, può costarti parecchio in termini di tempo!). In realtà anche MATLAB ti permette di fare dei modelli 3D di terreno. Per quanto riguarda l'eventuale aggiunta di informazioni (coordinate con diverse caratteristiche), molto dipende da quali sono le "caratteristiche". Anche qui, per contesti geologici semplici o se devi ad es. semplicemente inserire stratigrafie di sondaggi verticali, arcview può andar benone, per modellazioni complesse (ad es. situazioni strutturali con + generazioni di pieghe etc) mi sa che nessuno dei software in circolazione (o cmq accessibili ad un fruitore comune, le compagnie minerarie o petrolifere possono ovviamente ambire a molto di +) possa arrivarci. Il problema è che non esistono algoritmi che possano sapere qual'è il modo geologicamente corretto di interpolare diversi punti, fortunatamente il sapere del geologo qui è insostituibile.