non utilizzo il programma che usi tu. Ma lavoro abbastanza con arc view.
Inoltre, non conosco le CtR di cui parli, ma da come esponi il problema mi viene da chiederti, sei sicuro che le mappe abbiano le stesso datum? di partenza?
Alcune possono essere allineate con sistemi di riferiemento leggermente diversi e di condseguenza essendo diversa l'origine saranno diverse anche le coordinate e da qui lo sfalsamento sia in ascissa che in ordinata