Io uso ArcView 3.2, ed ho risolto il problema così. Innanzitutto, ho settato il GPS sul datum delle carte (uso la CTR in Gauss Boaga, Roma 1940. L'ho dovuto settare manualmente sceglindo l'opzione "user grid", perché nell'elenco di datum del mio Garmin 12 la proiezione che mi interessava non c'era). Poi ho utilizzato un programino che si chiama GPS Utility, che si scarica in prova (in questa versione consente di scaricare 100 waypoints alla volta), non ricordo da quale sito ma con i motori di ricerca lo trovi subito. GPS Utility può salvare i punti direttamente nel formato shapefile (e in un sacco di altri formati), per cui lo carico direttamente su ArcView come feature (o come "Layer", per te che lavori con arcgis 9) senza nessuna ulteriore trasformazione.