Traccia da te le 'isoipse' in pianta dove mancano, in base hai dati che hai, come se il rilievo fosse 'trasparente', le isoipse delle porzioni sottoescavate saranno piu interne (verso monte) rispetto a quelle aggettanti di piu alta quota (verso valle). QUindi si intersecheranno.
Poi se il rilievo ha tutte le isoipse in 3d puoi tranciarlo con un comando di autocad che ti restituisce il profilo lungo una traccia disegnata appositamente, ma non ricordo come si chiama, e comunque non è così preciso.
Altrimenti, se le isoipse non sono tantissime, la fai a mano (sempre in cad) digitalmente, almeno hai sotto controllo punto per punto il profilo che viene fuori, in maniera anche piu corretta. Magari gli aggetti devi un attimo 'interpretarli'.