Ciao Elias,

per quel che ne so l'unico modo che hai per inserire il secondo punto, senza avere elementi di riferimento sullo shape, è il comando Add Control Point.
Ci arrivi dalla barra di Georeferencing, inserisci il primo punto e poi fai tasto destro, in questa schermata puoi inserire i punti che ti interessano X e Y.

Spero che tu poss risolvere il tuo problema.

Ciao

Massimiliano A.