Ho già incontrato questo problema di topologia, o meglio di avre delle discordanze tra banca dati e features presenti nelle stesso file, con conseguente crash del sistema.
Il motivo mi resta a volte sconosciuto, a volte é causto da un editing delle features e della banca dati non fatta in modo 'cristiano', od editando lo stesso file con ArcView ed ArcGIS (eh già ho sperimentato pure questo...).
Per recuperare al danno ho avuto (spesso) la fortuna di riuscire ad aprire il file in Adobe Illustrator (ma occorrono le plug-ing MapPublisher (www.avenza.com)).
Il geodatabase (o coverage di ArcInfo) é sicuramente piu' stabile dello shapefile, anche se piu' complesso come strutturazione. Il problema é che se si pianta il geodatabase, che contiene ovviamente molte piu' informazioni, rischi di gettarti dalla finestra dell'ufficio piu' facilmente che per un "semplice" shapefile.
Che tu possa quindi risolvere il tuo problema non saprei dirtelo con certezza, m apotrebbe essere una soluzione.
Enrico



Enrico Bonino
Museum Curator at the Back to the Past Museum, Cancun, Mexico
www.backtothepast.com.mx
www.facebook.com/BackToThePastMuseum/
www.enrico-bonino.eu