In ms4w è compreso sia Apache, PHP, Mapserver quindi se tu hai installato uno di questi software separatamente disinstallali.
Il mapfile lo puoi creare facilmente con maplab.
Si tratta di un file di testo che eventualmente puoi anche modificare tu ma devi conoscere i parametri giusti. Prova a copiare il tuo mapfile all'interno della cartella di maplab....

email: echo "dfp^k^ivpq=sfodfifl+fq" | perl -pe 's/(.)/chr(ord($1)+3)/ge'
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Il problema dell'umanità è che gli stupidi sono strasicuri, mentre gli intelligenti sono pieni di dubbi. (B. Russell)