Scusa ma che intendi per altezza media del bacino? Quota topografica media del bacino idrografico? In tal caso credo che basti dare un'occhiata alle proprietà del raster utilizzato per creare il tuo DEM, se non ricordo male riporta varie statistiche sui valori delle celle, incluso la z media (per z intendo il valore verticale attribuito a ogni cella).