Sto facendo una cosa simile per un articolo all conferenza Asita che si svolgerà a Novembre (a proposito tu ci sarai) ma sto usando tuto OpenSource. Altri programmi ne conosco ma in ogni caso c'è senpre bisogno di un sw DeskMAp tipo ArcGIS per modificara o inserire dati. I dati geografici altre alla componente alfanumerica hanno la componente spaziale e i DBMS che gestiscono questa cosa sono tanti però uno dei migliori e Oracle Spatial invece come OpenSource ci sono PostgreSQL/PostGIS e MySQL. In teoria dovresti connettere il tuo SHP con questi DBMS dopodichè puoi farci tutte le modifiche che vuoi ed anche altre operazioni come Overlay Topologico.
Purtroppo di sw in giro ne esistono tanti, bisogna trovare quello adatto alle nostre esigenze!

email: echo "dfp^k^ivpq=sfodfifl+fq" | perl -pe 's/(.)/chr(ord($1)+3)/ge'
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Il problema dell'umanità è che gli stupidi sono strasicuri, mentre gli intelligenti sono pieni di dubbi. (B. Russell)