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corrige:

al punto 1 non calcoli un aumento, ma la Qs1 nella situazione 'attuale', idem al punto 2, ma senza pozzo.
per la variazione poi fai la sottrazione... ;P

Sarebbe anche molto interessante sapere la permeabilità dei sedimenti di fondo del corso d'acqua...parametro fondamentale!
Per i punti 1 e 2 OK, nessun problema, avevo già impostato il modello.
Il problema era proprio passare dal Delta_Q alla variazione del pelo libero...considerando il fatto che non ci sono neanche rilievi del profilo dell'alveo.
Avendo una scala di deflusso si potrebbe vedere la variazione del livello semplicemente considerando la portata diminuita, mettendosi a valle della zona di influenza del pozzo; mi sarebbe però piaciuto fare una simulazione anche nella zona di influenza del pozzo, ed eventualmente a monte, considerando le perdite (fiume=>falda) distribuite lungo il corso d'acqua...vabbè, non complichiamoci la vita!

Ma davvero in pratica si riuscirebbe a fare questo?
Mi fai venire in mente che i pozzi idropotabili in sinistra T. Sangone di a Trana furono subito ritenuti (1890 circa) responsabili della mancanza d'acqua in alveo durante i periodi estivi.
Se il corso d'acqua è piccolo forse converrebe misurare le portate a monte e valle, sarà meno elegante ma è più convincente.

Quanto tempo ci mette l'effetto richiamo della pompa ad arrivare alle sponde?

è un caso classico; il modello che uso normalmente lo riporta come esempio (molto semplice) sul manuale.

http://www.vatnaskil.is/manual/ch11.htm

vedi in particolare la Fig. 11.9 (riduzione della portata di scambio falda-fiume)

The calculated flow in the river is shown in the time series file FLOW01.TIM. It shows what effect the pumping has on the baseflow of the river. The pumping reduces aquifer supported river flows by more than 10 l/sec, but it takes more than 6 years pumping to produce the maximum effect on river flows.

Accidenti 6 anni!
Ma 10 l/sec sono un inezia per un corso d'acqua.