Scusa ma con "programmi gis" intendi gis-desktop (cioè tipo ArcGIS, ArcView o QGIS)?
UMN-Mapserver non è propriamente un "programma gis" in quel senso... è, appunto, un mapserver, cioè un programma che si appoggia ad un webserver (di solito apache) e viene utilizzato per generare una mappa.
Forse prima sono stato impreciso:
Mapserver supporta dati raster e vettoriali, ma se vuoi dotare la tua applicazione di funzioni più avanzate della sola visualizzazione della mappa e degli attributi associati ai vettoriali, devi comunque appoggiarti ad un DBMS (il più usato è proprio postgre/postgis).
In una tipica applicazione web-gis basata su mapserver (almeno in tutte quelle che ho visto io...) il raster viene utilizzato come "base cartografica" oppure, visto che si presta molto meglio allo scopo, per rappresentare le variazioni di dati spaziali "continui".
Comunque, sia per i raster che per i vector, devi indicare la posizione dei dati al mapserver tramite un "mapfile" di configurazione.
ciao
PS
se cercavi info su mapserver puoi iniziare da qui:
http://mapserver.gis.umn.edu/ http://www.rigacci.org/wiki/doku.php/tecnica/gps_cartografia_gis/mapserver