Per l'editing vettoriale qgis non è il massimo... non ha neanche gli snap...
Usa grass (puoi anche interfacciarlo a qgis con il plugin apposito e digitalizzare con grass direttamente dalla gui di qgis).
Inoltre lo shape, pur essendo uno standard de facto, non è topologico mentre il vettoriale grass sì. Poi puoi sempre esportare il layer come shape.

L'eliminazione (per la modifica non mi ricordo) dei poligoni tracciati comunque dovrebbe essere possibile, basta che selezioni l'elemento col tracciando un'area che comprenda anche solo una piccola parte del poligono che ti interessa.

ciao