Per la prima domanda che hai fatto, cioè ottenere mappe temeatiche raster a partire da scansioni esistono diverse procedure non tutte pero di semplice utilizzo. Spesso è piu semplice digitalizzare il raster, in alterativa è possibile riclassificare il raster di partenza in funzione dei toni di grigio o di colore a seconda del formato di partenza. Per questo tipo di lavori pero ti sconsiglio il formato tiff in quanto nella matrice è rappresentabile un solo valore e non puoi operare procedure di algebra di mappa in modo semplice, è meglio il formato GRID molto piu flessibile. Per quanto concerne la seconda domanda (problemi di visualizzazione) ti consiglio prima di tutto di verificare che effettivamente ii valori delle celle del raster siano "differenti" se lo sono è un problema di streccing dell'istogramma che puoi correggere direttamente in arcGIS.