Ciao
Io ho lavorato durante la tesi sulla creazione di modelli 3d del sottosuolo. Chi eleborava il modello finale usava il programma GoCad. Io questa ultima fase non l'ho curata ma ho preparato lo scheletro mediante Autocad disegnando in 3d una serie di sezioni ottenute dalle stratigrafie e controllando i punti di intersezione delle diverse tracce.
Più sezioni costruiisci più aiuti il programma ad interpolare tra una traccia e l'altra.
Potresti provare a creare delle mesh con programmi CAD per il disegno 3D.