In realtà puoi fare tutto il lavoro con il gis...
Muovendoti sulla superficie dei raster georeferenziati caricati nell'area di lavoro visualizzerai le coordinate dei vertici nel gis stesso.
Il calcolo che vuoi fare a partire dalla grandezza del pixel è corretto ma è svolto automaticamente ed in tempo reale dal gis una volta che il raster è georiferito.

Se vuoi costruire i poligoni a partire dagli archi devi utilizzare un formato topologico per i vettori (modello geodatabase di arcgis oppure vector grass), quindi non lo shape.
In caso contrario digitalizzarai ogni limite di separazione tra le varie carte due volte, rendendo il dato inutilmente più pesante.

ciao

PS
Sono sempre molto scettico riguardo l'uso di programmi di grafica per lavorare con le informazioni territoriali... non è impossibile farlo, intesi, ma i gis sono un'altra cosa.