Se le carte sono molte direi di sì.
Fai creare i punti direttamente al gis dandogli il file con le coordinate degli stessi che hai estratto col metodo che ritieni più opportuno.
In arcgis la funzione è Add XY Data
In un Qgis (open source) c'è il plugin per l'importazione dei punti a partire da file .txt

ciao