Ti conviene utilizzare GRASS e Qgis (Grass può essere lanciato da Qgis utilizzado così un'interfaccia user friendly).
Grass è l'unici GIS open ad avere la potenza di ArcGIS.

Nel wiki di Ubuntu ho scritto una piccola guida per cominciare http://wiki.ubuntu-it.org/UbuntuGIS (la guida è testata su Edgy ma va bene anche su Feisty)

ciao