L'errore riportato?
Se dai da leggere il mapfile al cgi mapserv questo ti dirà a quale riga riscontra il problema.
Code:
Su linux:
http://localhost/cgi-bin/mapserv?map=/percorso/mapfile.map&mode=map

Su windows:
http://localhost/cgi-bin/mapserv.exe?map=X:\percorso\mapfile.map&mode=map

X: sta per il volume in cui si trova il mapfile (C:, D:, ecc.)