Ciao,
nessun consiglio in particolare... la procedura image-to-image di georeferenziazione è quella che hai descritto. Ci vuole un po' di pazienza...

L'unica cosa di cui tener conto è la disposizione dei punti di controllo (GCP) che piazzi:
cerca di distribuirli in maniera omogenea su tutta l'area altrimenti la soluzione sarà "poco stabile" (senza entrare in disquisizioni su polinomi vari...)

Se ne hai la possibilità (se hai Er Mapper, in pratica), per gestire meglio i raster troppo pesanti, convertili in ECW. A quel punto potresti anche fare la georefenziazione direttamente in Er Mapper.