se lavoravi con la versione 3 avrei potuto rispondere a entrambi i tuoi quesiti.
In ogni modo credo che l'operazione di merge che ti hanno proposto sia quella giusta.

per il secondo punto, esiste un estensione di spatial analist che si chiama 3d in control che ti permette di fare una passeggita vituale all'nterno del tuo modello 3d che hai creato. questa estensione la puoi scaricare dalla rete e funziona sulla versione 3.X.
preferisco lavorare su questa versione perchè anche se vetusta, facendo qualche giro nella rete trovi tutte le estensioni ormai free.