Se all'interno del geodatabase hai organizzato le tue feature class in uno o più feature dataset (secondo il modello dati geodb di ArcGIS si dovrebbe fare così), per passare da un sistema di riferimento all'altro puoi utilizzare la funzione Project di Arctoolbox e riproiettare tutto il tuo Feature dataset (con le feature class inserite).
Se non hai creato Feature datasets, devi riproiettare singolarmente i layer informativi (le feature class) che ti interessano sempre nello stesso modo con il tool project.

Spero di essermi spiegato bene... smile