Esattamente quello che ti dicevo prima: ci sono due modi di definire il sistema di coordinate in mapserver.

Nel tuo esempio

PROJECTION
"init=epsg:3035"
END

che è commentato, è equivalente a

PROJECTION
"proj=laea"
"lat_0=52.000000"
"lon_0=10.000000"
"x_0=4321000"
"y_0=3210000"
"ellps=GRS80"
"units=m"
"no_defs"
END

la seconda espressione è mda preferire nel caso tu debba condividere il layer via wms.

http://mapserver.gis.umn.edu/docs/reference/mapfile/projection