1)
Il tuo problema puoi risolverlo con alcuni tool in ambiente Linux che utilizzano le librerie di proiezione cartografica Proj come Global Mapping Tool, OGR Spatial Reference and Transformation, Geotools. Anche essi lavorano generalmente con uno o alcuni file alla volta, ma hanno la riga di comando. Attraverso essa potrai far girare un tuo semplice script riunendo o meno tutti i file in gruppi, database.
2)
In altri sistemi operativi anche Autocad Land Desktop ed ErMapper lavorano su file singoli (cioè non te ne fanno aprire molti contemporaneamente), ma penso che potrebbero essere sfruttati:
-se permettono l'utilizzo di macro o di script che automatizzano o sincronizzano l'operazione di trasformazione
-sfruttando l'apertura di un progetto in workspace in cui spero si possano inserire i link di tutti i tuoi file.
3)
Consiglio una terza soluzione se hai la possibilità di costruire una routine in C o Fortran:
la routine deve prevedere l'apertura di un file con, l'esecuzione dell'operazione richiesta, in un ciclo che durerà tante volte quant'è il numero dei file. Bisogna conoscere/recuperare nel web però la formula o l'algoritmo di conversione tra le coordinate.